Misiones secretas llevadas a cabo por agencias de inteligencia o unidades militares fuera del escrutinio público y documentadas a través de filtraciones o desclasificaciones.
El programa COINTELPRO: la guerra secreta del FBI operó encubiertamente entre 1956 y 1971. Documentos oficiales confirman instrucciones para "neutralizar" disidencias, una realidad expuesta tras la filtración de Media en 1971. Aunque el marco es verificable, el archivo accesible hoy permanece parcial, lo que impide reconstruir la cadena operativa completa de cada caso.
La Operación Paperclip trasladó a más de 1.600 especialistas alemanes a Estados Unidos, un proceso registrado en las 186 cajas de expedientes de NARA. Aunque la NASA confirma afiliaciones nazis en figuras como Von Braun, los documentos no ofrecen un veredicto único: el grado de implicación varía y debe verificarse revisando cada caso individualmente.
AATIP: el programa secreto de OVNIs del Pentágono fue una iniciativa real operativa entre 2007 y 2012, que adjudicó contratos a BAASS y financió estudios teóricos avanzados. Los documentos confirman su estructura burocrática, pero no aportan pruebas públicas de tecnología extraterrestre. En 2024, la oficina AARO concluyó que no halló evidencia de origen no humano.
Los documentos sobre la operación gladio protocolos describen una red stay-behind coordinada por comités de la OTAN, como el CPC. Mientras la arquitectura general y su vínculo con servicios italianos están probados, los archivos disponibles no detallan órdenes operativas directas que la conecten judicialmente con la ejecución de atentados neofascistas.
El Proyecto Manhattan aparece en los archivos como un esfuerzo industrial masivo que transformó un experimento físico en las bombas de Hiroshima y Nagasaki. Los informes documentan el desarrollo técnico y las alternativas militares debatidas, pero los documentos no logran cerrar una cifra exacta de víctimas ni resuelven el dilema ético final.
El expediente del asesinato Colosio confirma la condena de Mario Aburto como único responsable y el cierre oficial del caso en 2000. No obstante, investigaciones recientes de la FGR han reactivado la hipótesis de un segundo tirador, manteniendo la fricción entre la verdad jurídica y la ausencia de pruebas sobre un complot superior.
La Operación Northwoods fue una propuesta formal de los Joint Chiefs of Staff en 1962 para fabricar pretextos de guerra contra Cuba mediante atentados de falsa bandera. Los documentos desclasificados confirman que el plan fue elevado a Robert McNamara pero rechazado por el liderazgo civil, sin pruebas de que llegara a ejecutarse.
MKUltra fue un programa encubierto de la CIA entre 1953 y 1973 centrado en la experimentación humana con LSD y técnicas psicológicas para influir en la conducta. Aunque los documentos confirman graves violaciones del consentimiento y casos como los de Montreal, la destrucción deliberada de archivos impide conocer el alcance total y las víctimas exactas.
Los actuales expedientes ovni militares revelan que, tras el cierre de Blue Book, el interés institucional resurgió con programas como AATIP y la oficina AARO. Aunque documentos oficiales validan vídeos y admiten numerosos incidentes sin explicación clara, la revisión histórica del Pentágono niega haber hallado pruebas verificables de tecnología no humana.
