Misiones secretas llevadas a cabo por agencias de inteligencia o unidades militares fuera del escrutinio público y documentadas a través de filtraciones o desclasificaciones.
El Proyecto Manhattan aparece en los archivos como un esfuerzo industrial masivo que transformó un experimento físico en las bombas de Hiroshima y Nagasaki. Los informes documentan el desarrollo técnico y las alternativas militares debatidas, pero los documentos no logran cerrar una cifra exacta de víctimas ni resuelven el dilema ético final.
El expediente del asesinato Colosio confirma la condena de Mario Aburto como único responsable y el cierre oficial del caso en 2000. No obstante, investigaciones recientes de la FGR han reactivado la hipótesis de un segundo tirador, manteniendo la fricción entre la verdad jurídica y la ausencia de pruebas sobre un complot superior.
La Operación Northwoods fue una propuesta formal de los Joint Chiefs of Staff en 1962 para fabricar pretextos de guerra contra Cuba mediante atentados de falsa bandera. Los documentos desclasificados confirman que el plan fue elevado a Robert McNamara pero rechazado por el liderazgo civil, sin pruebas de que llegara a ejecutarse.
MKUltra fue un programa encubierto de la CIA entre 1953 y 1973 centrado en la experimentación humana con LSD y técnicas psicológicas para influir en la conducta. Aunque los documentos confirman graves violaciones del consentimiento y casos como los de Montreal, la destrucción deliberada de archivos impide conocer el alcance total y las víctimas exactas.
Los actuales expedientes ovni militares revelan que, tras el cierre de Blue Book, el interés institucional resurgió con programas como AATIP y la oficina AARO. Aunque documentos oficiales validan vídeos y admiten numerosos incidentes sin explicación clara, la revisión histórica del Pentágono niega haber hallado pruebas verificables de tecnología no humana.
